Uanset om BizTalk Server anvendes til en lille eller stor opgave, vil det grundlæggende message flow se ud som illustreret herunder.

Hver besked til BizTalk Server bliver behandlet ved følgende opskrift.
- En besked modtages over en konfigureret Receive Location (via en Adaptor til FTP, fil, SQL, SOAP eller andet).
- En Receive Pipeline konverterer beskeden til XML format.
- Et Map transformerer beskeden til et velkendt internt XML format, der ligges i Message Box databasen.
- BizTalk Server sender beskeden til videre processering i forhold til et vilkårligt antal registrerede Subscriptions (der kan være af type Orchestration eller Send Port).
a) En Orchestration laver regler for hvor beskeden skal sendes hen hvis der er flere
mulige modtagere eller andet avanceret logik.
b) En konfigureret Send Pipeline der ved beskeden skal sendes til en modtager.
BizTalk Server kommer i 2 versioner.
- Standard Edition
- Enterprise Edition
Hver BizTalk Server anvender Internet Information Services (IIS) og Global Assembly Cache (GAC), der begge er normale komponenter på en Windows Server. Stardard Edition er en stand-alone installation med maksimalt 5 BizTalk Applikationer, mens Enterprise Edition ikke har begrænsning på antal BizTalk applikation og understøtter flere servere i samme BizTalk Group, der alle kan benytte samme Message Box database.
